Положен ли материнский капитал при рождении второго ребёнка, если у матери на тот момент не было гражданства РФ?

Здравствуйте,

к сожалению нет, поскольку правом на материнский капитал обладают только граждане РФ.

Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ
(ред. от 30.12.2015) "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2016):

"Статья 3. Право на дополнительные меры государственной поддержки

1. Право на дополнительные меры государственной поддержки возникает при рождении (усыновлении) ребенка (детей), имеющего гражданство Российской Федерации, у следующих граждан Российской Федерации независимо от места их жительства:
1) женщин, родивших (усыновивших) второго ребенка начиная с 1 января 2007 года;...".