Может ли дедушка спустя 9 лет подать заявить о праве на наследство 3 комнат из 4-комнатной квартиры, из которых он свою комнату приватизировал?

 Теоретически, - да. Если комнаты были в собственности родственников, он фактически ими владел (или имеется завещание), если вступления в наследство не было, срок еще можно восстановить в суде при уважительности причин. Если комнаты в квартире не были приватизированными, то они не могут быть включены в наследственную массу, ваш дедушка может заключить договор соцнайма.

 Был суд 2003, квартиросьёмщик отец  дедушки у него имеется справка, что он зарегистиророван с 1986 в справке написано, что он проживает 1. Квартира комунальная он на свою комнату прописал внука его жену и правнучку. Его брат и его сожительница дедушки не оформляли ни зелёнку ни лицевой счёт!!

Помогите советом пожайлуста?

 Остается неясным правовой статус трех оставшихся комнат. Были ли они приватизированы? Без этой информации определить для Вас перспективу невозможно.