Остров в Черном море может быть муниципальным???

Если остров является частью земной поверхности и имеет характеристик, позволяющие определить его в качестве индивидуально определенной вещи - земельный участок с кадастровым номером, то такой остров может находиться в муниципальной собственности. А в соответствии со ст. 39.10 Земельного кодекса РФ при определенных условиях земельный участок находящийся в муниципальной собственности может быть предоставлен в безвозмездное пользование.

То есть в этом случае положения п 2 ст 2 155-ФЗ "О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне РФ" не применима?

Не понял Вашего вопроса.

Если земельному участку на острове органами государственного кадастра и регистрации присвоен кадастровый номер, то значит никаких нарушений 155-ФЗ не имеется.

Это Крым, участок сформирован как "ранее учтённый", вместе с тем данный участок расположен на острове, который в свою очередь находится в территориальных водах Черного моря. В Крыму на учёт ставиди всё подряд, например, участки под нестационарные торговые объекты, участки в прибрежной полосе Черного моря и даже в акватории днного моря.