Продление регистрации ребенку-иностранцу

Здравствуйте. Я гражданин РФ, мой несовершеннолетний сын (1 год 4 месяца) гражданин Азербайджана. Срок регистрации по месту жительства у него заканчивается 4 апреля этого года. 15 марта были поданы документы на оформление гражданства РФ ребенку, оплачена гос пошлина. В органах ФМС отказываются продлевать срок регистрации ребенку, и говорят что ему нужно выехать из страны на 90 суток. Что мне делать??? На данный момент нам просто негде жить в Азербайджане.