С чего следует начать процесс раздела квартиры, принадлежащей трем собственникам, и какие документы нужны?

 Не совсем ясно, в каком порядке вы планируете "подавать на раздел квартиры"?  Поскольку  квартира находится в долевой собственности, ваш супруг вправе в судебном порядке требовать  лишь выплаты компенсации соразмерно своей доле, поскольку выделить долю в натуре, полагаю, невозможно.

При таких обстоятельствах регистрация несовершеннолетнего (для проведения которой согласия членов семьи не требуется)  не имеет правового значения, т.к. не влияет на размер доли сестры. 

Процесс начинается с грамотного искового заявления, составление которого следует доверить профессионалу.