Между справкой 2-НДФЛ и зарплатой существенная разница. В чем может быть причина?

Добрый день!

При сравнении справки 2-НДФЛ и фактически выплаченной заработной платы, выяснилось что расхождения в суммах существенные. При опросе работников прояснилось что такая ситуация сложилась у всех. Первым делом обратились к бухгалтеру за прояснениями, на что был дан ответ, что к фактической заработной плате теперь плюсуется подоходный налог а так же 13% (ранее это не вносилось в справку, так как работодатель оплачивал все сам). Может ли это быть правдой?